伯尔尼大学创建历史可以追溯到十六世纪早期建立的神大学，当时建校的目的是为宗教改革培养清教徒牧师。学校在建校时拥有3位教授，到十七世纪末拥有6位教授。到十八世纪学校在人文和神学先域一直处于统治地位。